Ondanks de vele sterke punten is de JURA E4 niet zonder nadelen. Allereerst is de machine duidelijk geoptimaliseerd voor zwarte koffies; als je veel cappuccino’s of latte macchiato’s wilt zetten zonder handmatig melkschuimen, is deze machine minder geschikt. Er is geen geïntegreerde melkopschuimer aan boord, waardoor gebruikers die regelmatig melkdranken willen bereiden een externe melkopschuimer moeten gebruiken of naar een ander model moeten kijken.
Verder is het prijskaartje van JURA-producten relatief hoog in verhouding tot sommige concurrenten. Je betaalt voor degelijkheid, merk en betrouwbaarheid, maar wie voornamelijk eenvoudige filterkoffie wil of een beperkt budget heeft, zal wellicht betere prijs-kwaliteitopties vinden. Ook kan de bediening, hoewel intuïtief, beperkt voelen voor gevorderde gebruikers die veel programmeeropties en personalisaties verwachten — het aantal aanpasbare parameters is beperkter dan bij sommige andere high-end volautomaten.
Tot slot is onderhoud weliswaar grotendeels geautomatiseerd, maar vergt de machine consequente zorg: waterfilter vervangen, af en toe ontkalken (afhankelijk van hardheid), en reinigingscycli moeten strikt worden gevolgd om de prestaties te behouden. Dit is geen groot nadeel, maar wel iets om rekening mee te houden als je gemak zoekt zonder onderhoudsverplichtingen.