Hoewel de pedaalemmer overwegend goed functioneert, zijn er een aantal nadelen en beperkingen om in gedachten te houden. Ten eerste is de geurbeheersing beperkt: er is doorgaans geen geïntegreerd koolstoffilter of volledig luchtdichte afsluiting. Koffiedik kan, zeker als het vochtig blijft liggen, na verloop van tijd geur ontwikkelen. Dit vraagt regelmatig legen en drogen van de inhoud, of het toepassen van extra geurabsorberende middelen. Voor intensief commercieel gebruik of in zeer kleine, slecht geventileerde ruimtes is dat een belangrijk aandachtspunt.
Een ander nadeel is de capaciteit: de emmer is ontworpen voor huishoudens en kleine teams, maar bij veelvuldig gebruik kan hij snel vol raken. Wie meerdere koffies per uur zet, zal vaker moeten legen dan bij een grotere, professionele afvaloplossing. Ook al is de binnenemmer uitneembaar, het legen blijft een terugkerende handeling. Daarnaast kan het pedaalmechanisme na langdurig intensief gebruik slijtage vertonen; hoewel dit bij normaal thuisgebruik geen probleem is, moet je bij intensief kantoorgebruik rekening houden met mogelijke onderhouds- of vervangingskosten op termijn.
Tot slot kan de afwerking gevoelig zijn voor krassen en vingerafdrukken afhankelijk van het gebruikte materiaal. Een roestvrijstalen variant ziet er stijlvol uit, maar vraagt soms extra aandacht om schoon en netjes te blijven. Kortom: voor wie maximale geurvrijheid, heel grote capaciteit of industrieel gebruik nodig heeft, is deze pedaalemmer minder geschikt.