Hoewel de Siemens EQ6 Plus s100 TE651319RW veel gebruiksgemak biedt, zijn er ook enkele punten die minder positief zijn en waar rekening mee gehouden moet worden. Allereerst vergt het afstellen van de juiste maalstand enige kennis en geduld. In het begin kan het voorkomen dat de koffie wat waterig of slap smaakt, omdat de machine en maalgraad nog ingedraaid moeten worden. Het aanpassen van de maling naar een wat grovere of fijnere stand is noodzakelijk om de koffie naar persoonlijke smaak te krijgen, wat voor niet-technische gebruikers soms wat onhandig kan zijn.
Een ander minpunt is dat het apparaat, zeker bij het maken van melkspecialiteiten, enige schoonmaak en onderhoud vereist. Hoewel er een autoMilk Clean-programma aanwezig is, kan het reinigen van de flexibele melktoevoer en het verwijderen van achtergebleven melkresten toch wat tijd in beslag nemen, wat voor gebruikers die echt gemak zoeken als storend kan worden ervaren.
Daarnaast is het formaat van de machine redelijk fors, waardoor hij niet altijd even gemakkelijk in kleinere keukens te plaatsen is. Het design is strak en modern, maar het apparaat neemt toch wel wat plek in. Ook het prijskaartje van de Siemens EQ6 Plus s100 ligt in het middensegment, wat voor sommige gebruikers een reden kan zijn om verder te zoeken, zeker als ze minder complexe functies nodig hebben.
Tot slot kan de machine af en toe wat lawaai maken tijdens het malen, wat voor sommigen storend kan zijn, vooral in de vroege ochtend of in stille omgevingen. Hoewel dit geluid minder luid is dan bij sommige andere modellen, is het zeker niet geruisloos.