Hoewel de Gaggia Naviglio Milk veel goed doet, zijn er ook enkele punten van kritiek. Het belangrijkste aandachtspunt is het melksysteem: het CAPPinCUP-karafsysteem heeft goede resultaten, maar vraagt regelmatig en nauwkeurig onderhoud. Als je de reinigingscycli, leidingen en de karaf niet zorgvuldig bijhoudt, kunnen melkresten smaak en hygiëne beïnvloeden. Voor gebruikers die veel onderweg zijn of vergeten onderdelen te reinigen, kan dit een frustratiepunt zijn.
Een ander nadeel is beperkte handmatige controle voor barista-puristen. Wie graag speelt met textuur door zelf te stomen of microfoam precies te vormen, zal de machine soms te beperking vinden omdat de automatische routines de nuance van handmatig stomen niet altijd even goed benaderen. Daarnaast neemt de machine een redelijke hoeveelheid ruimte in op het aanrecht; in kleinere keukens kan dat een probleem zijn. Het geluid tijdens malen en pompen is merkbaar; niet extreem luid, maar tijdens vroege ochtenden kan het als storend worden ervaren door mensen die in hetzelfde huis aanwezig zijn.
Tot slot zijn sommige onderdelen van kunststof uitgevoerd, wat ten opzichte van volledig metalen modellen minder robuust aanvoelt. Dat betekent niet dat de machine fragiel is, maar voor gebruikers die maximale duurzaamheid en zware dagelijkste belasting verwachten, zijn er zinvollere, zwaardere alternatieven.