Hoewel de Philips EP1200/00 veel pluspunten heeft, zijn er ook enkele beperkingen om rekening mee te houden. Zo ontbreekt het apparaat aan diepgaand instelbare personalisatiefuncties. Gevorderde koffiedrinkers die bijvoorbeeld de maalgraad, temperatuur of koffiesterkte nauwkeurig willen afstellen, zullen deze machine wellicht te simpel vinden.
Daarnaast is de melkschuimfunctie afwezig, wat betekent dat liefhebbers van cappuccino, latte of andere melkspecialiteiten een apart apparaat nodig zullen hebben. De machine richt zich dan ook vooral op espresso en zwarte koffie, wat het aanbod in koffiesoorten beperkt.
Een ander aandachtspunt is de relatief beperkte capaciteit van het koffiebonenreservoir, waardoor het geregeld bijgevuld moet worden bij intensief gebruik. Ook is het reservoir voor gezette koffie beperkt tot het vullen van een beker, wat minder geschikt is voor het gebruiken van grotere kannen of pots.
Tot slot kan het kleinere formaat van de machine betekenen dat sommige gebruikers moeite hebben met de ergonomie bij het vullen van de watertank en het reinigen van interne onderdelen. Hoewel dit geen groot probleem is, kan dit bij dagelijks gebruik voor wat ongemak zorgen.